Po wybuchu II wojny światowej Niemcy zajęli budynek szkolny (09.09.1939 r.). W listopadzie 1939 r. gimnazjum i liceum Marii Gajl umieszczono w wynajętym domu przy ul. Piłsudskiego 14, a szkołę powszechną przy ul. Piłsudskiego 3. W dniu 09.01.1940 r. władze policyjne zamknęły szkołę, zakazując dalszej nauki. Dzięki inicjatywie i dobrej woli nauczycieli, młodzieży i rodziców powstały tajne komplety nauczania, które w lutym 1940 r. włączono w sieć tajnego nauczania w Generalnym Gubernatorstwie. 

Jadwiga  Cyrańska  objęła kierownictwo kompletów Gimnazjum i Liceum Marii Gajl. Szkoła powszechna funkcjonowała nadal do czerwca 1941 r., a po jej zamknięciu do kompletów gimnazjum dołączono dzieci z klasy VI.

Od czerwca 1940 do stycznia 1945 na kompletach szkoły Marii Gajl 59 osób ukończyło II klasę liceum humanistycznego, matematyczno - fizycznego lub klasycznego, a 132 osoby ukończyły IV klasę gimnazjum. Należy wyróżnić szczególnie Mieczysławę Będzińską i Irenę Bogdańską, które pracowały z wielkim oddaniem i poświęceniem.

mgr Anna Prokop